这是一座坐落于北京市中轴线上的寺院，由清代帝王下旨修建，既是皇家寺院，也是藏传佛教中规格极高的一座寺院。它不仅是几代达赖、班禅访问北京的停驻之地，而且拥有着中国藏传佛教最高学府，培养了众多高僧大德。这座寺庙，就是北京西黄寺。

西黄寺初名黄寺，始建于公元1651年（清顺治八年），1652年（顺治九年）建成，是清政府为迎接第五世达赖喇嘛阿旺罗桑嘉措进京而建造的。在清代是由理藩院直辖的重要皇家寺院，作为达赖喇嘛和班禅额尔德尼在北京的驻锡地，在藏传佛教界具有重要影响。数百年来，成为清中央政府联系西藏地方的重要纽带，见证了自古以来西藏就是中国不可分割的一部分。

公元1780年（清乾隆四十五年），第六世班禅大师东行为乾隆皇帝祝寿，来京后驻锡于此，后在此圆寂。乾隆在西黄寺西侧建清净化城塔及清净化城塔院，即今日西黄寺。1987年，十世班禅大师在此创办了中国藏语系高级佛学院。现为国家重点文物保护单位。

200多年前，六世班禅罗桑贝丹益喜从雪域高原启程踏上东行之路，赴京朝觐拜贺乾隆皇帝70大寿，自康熙皇帝册封五世班禅为班禅额尔德尼之后，他是第一位晋京朝觐的班禅。在承德为乾隆皇帝祝寿活动结束后，六世班禅抵京驻锡西黄寺。乾隆皇帝亲临西黄寺，六世班禅出寺迎接，乾隆赏赐六世班禅许多贵重的礼物，并在西黄寺内与六世班禅一起用膳。此后，乾隆和六世班禅多次往来于皇宫和西黄寺之间。

六世班禅在京病重期间，乾隆皇帝数次探视，并作“祈寿长椿图”和《写寿班禅圣僧并赞》诗赐予班禅，为其祈寿。同年（1780年）11月农历初二，六世班禅大师于西黄寺内圆寂。乾隆皇帝亲临凭吊,处理一切善后，并于西黄寺西侧敕建清净化城塔及清净化城塔院。由于塔是为六世班禅而建，故俗称“班禅塔”或“六世班禅塔”，塔内珍藏六世班禅衣冠和乾隆皇帝的赐物等。

1782年（乾隆四十七年）11月，塔院建成，乾隆亲笔御书《清净化城塔记》，以纪念六世班禅的无量功德。乾隆御书《清净化城塔记》碑和《写寿班禅圣僧并赞》诗碑（碑内刻“祈寿长椿图”和《写寿班禅圣僧并赞》诗）作为历史文物，至今依然完好地保存于西黄寺清净化城塔院东、西碑亭内。

清净化城塔和清净化城塔院是西黄寺完整保留的唯一一处历史遗址，尤其是清净化城塔驰名中外，成为西黄寺传世的标志和历史象征。2018年5月18日，时值第42个国际博物馆日来临之际，西黄寺博物馆举行开馆揭牌仪式，正式面向公众开放。